医用拖鞋消毒柜(双门)内部的温度要达到125℃，而且持续保持10分钟，才能把对人身体有害的牙孢菌及肝炎病菌杀死。出于这个原因，只有单一远红外线消毒功能的消毒柜中不宜存放塑料器皿。
因为要想在柜内达到125℃，不论是采用石英管还是电热丝发热，发热元件附近的温度肯定会大大高于125℃，塑料容器在长时间的烘烤之下，很容易变形，同样的原因，消毒柜消毒过的器皿也不能马上取出来，以免高温伤手。
不过，有些双门产品还附加有臭氧杀菌功能，用上层的低温消毒室专门对那些不耐高温的进行消毒。其原理是利用高压无声放电装置产生臭氧分子，通过臭氧分子还原成氧分子所产生的强氧化作用来实现杀菌目的。
按消毒方式分，有臭氧、紫外线臭氧、红外线高温、超温蒸汽、紫外臭氧加高温等类型。其中，臭氧、紫外线臭氧属于超低温消毒，消毒温度一般在60℃以下，适合于不耐高温的塑料、玻璃制品。
而红外线高温、超温蒸汽、紫外臭氧加高温属于热消毒或多重组合消毒方式，消毒温度一般在100℃以上，消毒效果好，适合于陶瓷、不锈钢等耐高温制品的消毒。另有一些双门消毒柜上面一层属臭氧消毒，用于不耐高温的器具消毒；下面一层是红外线高温消毒，用于给耐高温器具消毒。
单门消毒柜一般只有一种消毒功能；医用拖鞋消毒柜(双门)一般为两种或两种以上消毒方式的组合。一般地说，单门消毒柜适用于集体饭堂和酒店等的消毒，属高温消毒；而双门宜为家庭选用，因为一般可分为耐高温和不耐高温两类，而一般的双门柜都具有高温和低温消毒两种功能。
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